En crevetticulture (pénéides), la volonté de l’Etat de développer l’économie des DOM-TOM et le déficit de la balance commerciale nationale en crevette (la presque totalité de la consommation est importée) sont à l’origine des travaux qui ont débuté à partir de 1973 à Tahiti et en Nouvelle-Calédonie, en coopération avec le Territoire et les Provinces. Dans les conditions naturelles favorables de ce Territoire, le savoir-faire acquis a permis un développement significatif pour son économie, ses potentialités étant bien au-delà de la production actuelle (environ 2000 tonnes). Les facteurs limitants de cette activité étant les maladies (virales et bactériennes) et, dans certaines régions de la ceinture tropicale, un impact  négatif sur l’environnement côtier (implantation des fermes par destruction de la mangrove et mauvaises pratiques d’élevage), les travaux de l’IFREMER se concentrent sur la sélection de souches résistantes aux maladies ainsi que sur les relations de la crevetticulture avec l’environnement. Les bureaux d’étude et de consultance français en aquaculture contribuent largement à la valorisation de ces compétences à travers le monde.

En algoculture, l’IFREMER conduit des travaux sur la biologie et le métabolisme des espèces d’intérêt économique et a développé des techniques de production massive d’éléments reproducteurs et de cryoconservation des souches. 

La place de l’aquaculture dans l’environnement côtier. 
Si la connaissance des animaux et les techniques d’élevage progressent régulièrement en faveur de la maîtrise et du contrôle de la production, le développement de l’aquaculture marine est assujetti à de nombreux facteurs. A une échelle régionale, le maintien des filières aquacoles traditionnelles (l’ostréiculture) ou l’implantation de nouvelles filières (la pisciculture marine ou la crevetticulture) est confronté à la présence et/ou au développement d’autres activités concurrentes pour l’occupation de l’espace, l’utilisation de l’eau ou à de grands projets d’aménagement ayant un impact sur l’hydrologie et la sédimentation côtières. Les choix pour la mise en valeur de ces espaces doivent se fonder sur la connaissance des interactions entre ces différentes activités. Quant à l’implantation des fermes marines, elle est directement dépendante de la disponibilité de sites adaptés (en terme d’aménagement et de qualité de leurs eaux) et de l’autorisation de s’y installer (elle est soumise à des procédures réglementaires dont les exigences environnementales pour les rejets s’avèrent souvent mal adaptées à l’aquaculture marine et aux risques réels observés à ce jour). La pérennité des exploitations dépendra, pour partie, des interactions qui vont s’établir, dans le temps, entre les élevages et leur milieu environnant : leur bonne gestion favorisera une activité durable.

Les travaux réalisés sur les rejets de deux projets industriels de pisciculture marine en Manche et Atlantique ont permis à l’IFREMER d’évaluer leur impact en conditions réelles (effets de dilution, de dispersion par les courants, ...). Les très faibles effets observés montrent que la législation relative à l’installation des fermes marines (revue Equinoxe n ° 59) pourrait être améliorée et simplifiée pour rendre l’accés aux sites plus aisé. Mais, quelle que soit l’évolution des procédures réglementaires, en particulier pour une prise en compte plus objective de l’impact réel de l’aquaculture, la réduction des déchets organiques des élevages d’une part et le traitement des rejets d’autre part restent des voies d’investigation importantes dans la perspective d’un développement accru de l’aquaculture. Une grande part des déchets de la pisciculture et de la crevetticulture intensives est due à une utilisation non optimale de l’aliment par l’éleveur et à sa médiocre assimilation par les animaux. Les travaux de l’IFREMER, menés à Brest en coopération avec l’INRA et à Tahiti, visent à améliorer la qualité des aliments, en particulier dans le sens d’une réduction des déchets. Les recherches portent sur la digestibilité des protéines, la connaissance des besoins essentiels des animaux, la qualité des matières premières. Sur le plan de la formulation, l’objectif est d’épargner les protéines pour réduire les déchets azotés en privilégiant les apports énergétiques par les lipides ou par les amidons selon l’espèce (poisson ou crevette) considérée.
Les méthodes d’épuration des effluents testées par l’IFREMER, pour limiter les rejets eutrophisants (sels nutritifs dissous), sont des systèmes productifs d’algues (microphytes et macrophytes d’intérêt commercial) et de bivalves.
Les recherches relatives à l’aquaculture en système clos (circuit fermé), programme sur lequel l’IFREMER investit depuis de nombreuses années, notamment à la station de Palavas, participent à cet objectif de limitation de l’impact de l’aquaculture sur l’environnement. Ces techniques d’élevage apportent, par ailleurs, une réponse aux difficultés que l’aquaculture marine rencontre pour s’implanter sur la côte : elle pourra s’en éloigner pour occuper des zones où la compétition pour l’espace est moins forte. L'Ifremer contribue à la construction d'une unité industrielle (projet européen : plusieurs milliers de tonnes de bar dont une première de 1 000 T. Les expérimentations portent maintenant en priorité sur les traitements et la valorisation des rejets (essai des réutilisation complète des eaux de rejets).
La modélisation des interactions entre les élevages et leur milieu environnant permet de définir des scénarios pour leur gestion durable. La modélisation de la capacité trophique des écosystèmes conchylicoles et des besoins nutritionnels des cheptels permet de déterminer la biomasse optimale qu’il est possible d’y élever pour maintenir, dans le temps, le niveau de production et la qualité des produits : les travaux de l’IFREMER concernent le bassin de Marennes-Oléron pour les huîtres, la baie de l’Aiguillon pour les moules, le lagon de Takapoto (Polynésie française) pour l’huître perlière. La modélisation des rejets d’une ferme aquacole et de leur impact sur le milieu permet de déterminer, pour un site donné, les modes de production, de gestion et de traitement des rejets les mieux adaptés : les travaux de l’IFREMER portent sur les élevages de crevettes en Nouvelle-Calédonie et sur les élevages de bars et de turbots.
 Les contraintes de partage de l’espace et les interactions avec les autres activités sont prises en compte par l’IFREMER dans la problématique plus vaste du développement durable de l’exploitation des ressources marines et des espaces côtiers, traitée dans le programme “Mise en valeur de la mer côtière”. 
Il comprend des études intégrées de sites côtiers où des mesures de gestion sont à prendre : elles sont utilisées en appui à la gestion, pour orienter les réglements relatifs aux activités et les interventions publiques. Celles conduites sur les pertuis charentais doivent déterminer les interactions entre conchyliculture, agriculture, urbanisation littorale, pêche côtière, et enfin  mesures de protection de l’environnement. Ces études  permettront d’améliorer les schémas actuels d’aménagement ainsi que la gestion de l’aquaculture traditionnelle tout en optimisant l’intégration de nouvelles techniques d’élevage (filières suspendues, cultures en eaux profondes). 

La qualité des produits d’aquaculture.
C’est, avant tout, la garantie d’innocuité pour le consommateur. Les risques concernent surtout les coquillages : ils peuvent concentrer des pathogènes humains (bactéries, virus) s’ils sont cultivés dans des eaux contaminées par des rejets ; ils peuvent concentrer des phycotoxines aux effets diarrhéiques ou paralytiques lors d’efflorescences algales toxiques dans les zones conchylicoles. Ces risques sont pris en compte par les législations européennes et nationales qui fixent les règles sanitaires de la production et de la mise sur le marché des coquillages vivants.
C’est, aussi, comme pour l’ensemble des produits agro-alimentaires, la nécessité de les identifier, c’est-à-dire de les caractériser. Les critères utilisés peuvent être simples (forme, couleur, taille, goût, odeur, texture,...) mais, aussi, plus complexes (acides gras des lipides, composés volatils, spectre des arômes, ...) ; ils permettent de dégager l’originalité d’un produit, ce qui sert à le positionner sur le marché par rapport aux produits concurrents de la pêche ou d’élevage ; ils permettent, également, d’établir un référentiel de qualité pour que le consommateur fonde son choix.
En outre, la détermination des caractéristiques des produits de l’aquaculture peut être associée à une démarche d’amélioration de la qualité et à une démarche de diversification des produits par la transformation.

Dans le domaine de la prévention du risque de contamination des coquillages, l'IFREMER observe et surveille la qualité des eaux des zones de production conchylicoles pour le compte des Pouvoirs Publics. Cette surveillance s’effectue d’une façon systématique. Elle repose sur trois réseaux de stations de prélévements et selon des méthodes d’analyses fixées réglementairement. Le Réseau de surveillance microbiologique REMI, qui comprend 420 stations, évalue les niveaux de contamination fécale du milieu (Escherichia coli, bactérie du tube digestif, est utilisée comme indicatrice de contamination ; sa présence en grand nombre augmente la probabilité des risques de contaminations en salmonelles et autres pathogènes). Le Réseau de surveillance phytoplanctonique REPHY, comportant 110 stations, surveille les poussées de dinoflagellés toxiques, les Dinophysis produisant les toxines DSP (Diarrheic Shellfish Poison), Alexandrium minutum produisant les toxines PSP (Paralytic Shellfish Poison), ou tout autre espèce réputée toxique soit pour le consommateur, soit pour les cheptels aquacoles. Le troisième réseau, le Réseau national d’observation RNO, conduit par l’IFREMER pour le compte du Ministère de l’Environnement, permet d’apprécier les niveaux de présence, et leurs évolutions, des différents contaminants chimiques. Il revient aux Pouvoirs Publics, destinataires des résultats des analyses de l’IFREMER, la responsabilité de classer les zones de production en fonction de leur salubrité (ce qui conditionne l’autorisation de mise en marché directe ou aprés purification, ou qui interdit totalement le ramassage) ainsi que celle d’interdire temporairement la vente s’il y a risque d’intoxication.

Dans le domaine de la caractérisation des produits d’aquaculture, l’IFREMER met en oeuvre, dans une finalité de recherche pouvant associer des producteurs et des organismes techniques, des méthodes classiques d’analyses et de mesures (pour la détermination des compositions chimiques et biochimiques, des caractéristiques biophysiques, des composés impliqués dans le goût et les arômes) et a mis en place un laboratoire d’analyse sensorielle faisant appel à des évaluateurs entraînés. Ces outils, couplés à ses moyens de recherche consacrés à la production et à ceux consacrés à la transformation des produits, donnent à l’IFREMER la capacité de prendre en compte les critères de qualité à toutes les étapes de développement ou d’amélioration des filières aquacoles.
Pour répondre aux difficultés rencontrées par les conchyliculteurs pour démarquer leurs produits en fonction des lieux d’origine ou des pratiques culturales (les démarches de certification officielle ont du mal à aboutir par manque de critères mesurables et reconnaissables), l’IFREMER a défini un programme sur la qualité des mollusques (huîtres et moules), qui a reçu l’accord des professionnels ; il le conduit avec le soutien du FIOM. Le programme porte sur la recherche de marqueurs de populations de Crassostrea gigas afin d’identifier leur origine, sur l’établissement d’une grille nationale de qualité par des critères de forme, de remplissage, de couleur de chair et de taux de glycogène, sur la différenciation des origines géographiques par la recherche de marqueurs spécifiques de terroir comme les composés volatils, sur l’analyse des variations temporelles et spatiales de la composition fine et de la valeur nutritionnelle des coquillages pour conforter l’image de produit naturel et diététique. L'identification des marqueurs de terroir sur les huîtres creuses françaises a été récemment renforcée par un programme de coopération INRA-IFREMER
Chez le poisson, des études ont été conduites sur les caractéristiques du bar provenant de diverses techniques de production, sur la flaveur du turbot d’élevage comparée à celle du turbot sauvage et sur les effets de certains composants de l’aliment, sur les effets des modifications génétiques et de la sélection chez la truite fario pour ses qualités commerciales et son aptitude à la transformation. Des travaux se développent sur les relations entre les techniques d’élevage et d’abattage, les conditions de bien-être des animaux et les qualités de la chair; d’autres travaux portent sur la relation entre les nutriments de l’aliment (principalement lipides et vitamines) et les qualités de la chair (nutritionnelles et organoleptiques; texture et conservation). Des méthodes pratiques, à l’usage des professionnels, de conservation des poissons à l’état vivant pour garantir leur fraîcheur sont également étudiées.


L’ analyse sensorielle.
C’est une méthode qui permet d’acquérir des données objectives sur les caractéristiques sensorielles des produits. Un groupe d’évaluation est entraîné à décrire les produits (et non à évaluer s’ils sont meilleurs ou moins bons) selon des termes précis, sans ambiguïté de définition. Il intervient sur deux types d’épreuves : des épreuves discriminatives, pour juger si des produits sont significativement différents ou non ; des épreuves descriptives, pour préciser la nature et l’intensité des différences observées.
L’IFREMER a constitué un laboratoire d’analyse sensorielle dans son centre de Nantes faisant appel à des agents spécialement entraînés.

LES LABORATOIRES COTIERS ENVIRONNEMENT LITTORAL
Les laboratoires côtiers de la Direction de l’Environnement et de l’aménagement littoral de l’IFREMER constituent l’échelon local d’action de cette direction dont les équipes de recherche sont réparties entre le centre de Brest et celui de Nantes. Ils ont pour mission d’assurer la collecte des données et la surveillance de la qualité du milieu, de mener des études sur la salubrité et l’aménagement de leurs secteurs géographiques respectifs ; ils traitent des demandes d’avis et d’expertise des services déconcentrés de l’Etat, des collectivités territoriales et des organisations professionnelles. Ils sont au nombre de douze, situés respectivement à Boulogne, Port-en-Bessin, Saint Malo, Concarneau, La Trinité-sur-mer, Nantes, La Rochelle, La Tremblade, Arcachon, Sète, Toulon et en Corse.


Le Service d’économie maritime.
En aquaculture, le SEM assure le suivi du secteur (entreprises, productions, techniques, emplois, chiffre d’affaires, valeur ajoutée) et de la place des produits de l’aquaculture dans le marché des produits de la mer ; il utilise ces données en support à ses activités d’études et de recherche, par exemple dans l’analyse de projets innovants (validation de nouvelles techniques d’élevage - comme le circuit fermé- ou évaluation des conditions de la rentabilité de l’élevage de nouvelles espèces -comme l’ombrine tropicale en Martinique-) ou dans le programme commun IFREMER/INRA/CEMAGREF sur l’impact des mesures environnementales sur le fonctionnement économique des entreprises. Ce suivi des évolutions du secteur, des techniques, du marché se fait en concertation avec les équipes des départements Ressources aquacoles et Valorisation des produits permettant à celles-ci d’intégrer les composantes économiques dans la justification et la validation de leurs travaux. Il édite tous les deux ans une synthèse des données économiques sur la mer